Kemudian pada 4 Januari 1946 dipindah ke Yogyakarta  ketika Jakarta diduduki oleh Netherlands Indies Civil Administration (NICA).

Baru dua tahun menjadi Ibu Kota, Yogyakarta diserang oleh pasukan militer Belanda dalam Agresi Militer Belanda II, Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta ditangkap dan diasingkan di Pulau Bangka.

Sjafruddin Prawiranegara diamanati untuk membentuk pemerintahan darurat di Bukittinggi yang dikenal dengan Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI). Saat itu, 19 Desember 1948, Ibu Kota Negara RI pindah ke Bukittinggi.

Pada 6 Juli 1949, Ibu Kota Negara kembali ke Yogyakarta setelah Soekarno dan Hatta kembali dari pengasingan.

Setelah RIS dibubarkan pada 17 Agustus 1950, Ibu Kota Negara RI kembali lagi ke Jakarta secara de facto.

Pada 28 Agustus 1961 Jakarta secara de jure menjadi Ibu Kota Negara Indonesia berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 2 Tahun 1961, yang diperkuat melalui Undang-Undang Nomor 10 Tahun 1964.