Beberapa di antaranya adalah kontroversi lahan Rumah Sakit Sumber Waras, penertiban Kalijodo, tuduhan mencap warga sebagai "komunis", penggunaan kata-kata kasar, dan pernyataannya terkait dengan "dibohongi pake surah Al-Maidah 51", atau juga kasus penodaan agama, yang memicu tanggapan keras berupa rangkaian Aksi Bela Islam.
Hingga akhirnya pada tanggal 9 Mei 2017, Ahok divonis dua tahun penjara oleh majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Utara dipimpin oleh ketua majelis hakim, Dwiarso Budi Santiarto atas kasus penodaan agama. Kemudian pada tanggal 24 Januari 2019, Ahok dibebaskan dari penjara.
Diangkat Menjadi Komut Pertamina
Pada pemerintahan Presiden Joko Widodo di tanggal 22 November 2019, Basuki resmi ditunjuk sebagai Komisaris Utama Pertamina. Selain itu, Ahok pun kini memiliki dua jabatan di Pertamina berdasarkan hasil Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) Pertamina, Senin, 23 Desember 2019. Tak hanya Komisaris Utama, mantan Bupati Belitung itu kini juga menjadi Komisaris Independen.
Erick Thohir pun sebelumnya mengamanatkan Ahok dengan isu akan menjabat beberapa posisi penting di beberapa BUMN, seperti Dirut Pos Indonesia, Bank Mandiri, PLN, Pertamina, BTN, BPJS, Krakatau Steel, Garuda Indonesia, Inalum, dan Bulog. Hingga akhirnya dirinya dipercaya menjadi Komisaris Utama Pertamina.