Selanjutnya, ia pun mencalonkan diri pada pemilihan kepala daerah Banten sebagai calon Wakil Gubernur Banten, mendampingi Zulkieflimansyah, kandidat Gubernur yang diangkat oleh Partai Keadilan Sejahtera dan Partai Sarikat Indonesia (PSI) pada Agustus 2006.
Karena alasan tersebut, Marissa pun dikeluarkan dari DPR.
Marissa menyatakan bahwa ia diminta mundur oleh sekretaris jenderal partai, Pramono Anung, dan dipecat oleh Megawati.
Sementara itu, PDIP sendiri mendukung pasangan Ratu Atut Chosiyah dan Mohammad Masduki yang kemudian memenangkan Pemilu pada periode tersebut.
Pada 30 April 2012, Marissa merevisi pernyataan "dipecat PDIP", dan menyatakan bahwa keputusannya keluar dari PDIP dikarenakan "sesuatu yang membuatnya tidak nyaman".
Selanjutnya, ia pun membeberkan soal dicalonkan PAN untuk Daerah Pemilihan (Dapil) Bogor.
Padahal sebelumnya ia sempat mencalonkan sebagai Wakil Gubernur di wilayah Banten.
Pada momentum tersbeut, ia sempatmengungkapkan alasannya.
Yakni, ia mengaku trauma dan menyebutkan bahwa Banten memiliki kejahatan nyata dan sistemik.
2. PPP
Pada tahun 7 Oktober 2007, ia bergabung dengan Partai Persatuan Pembangunan (PPP)
Momen tersebut bertepatan saat partai ini mengadakan acara Nuzulul Quran di kantor DPP PPP, Jakarta.
3. PAN
Pada 4 Oktober 2012, Marissa resmi bergabung dengan Partai Amanat Nasional (PAN).
