Masjid Al-Atiq juga menyimpan kisah perjuangan rakyat Betawi. Konon, masjid ini pernah menjadi tempat persembunyian Si Pitung dan Ji’ih, dua jawara Betawi yang dikenal membela rakyat kecil dan menentang kolonial Belanda.
Pada 1890-an, setelah melarikan diri dari penjara Meester Cornelis (sekarang Jatinegara), mereka disembunyikan di masjid ini selama berbulan-bulan atas perintah seorang mualim setempat.
Masjid ini juga memiliki benda pusaka berupa tongkat kayu jati yang berada di dekat mimbar, yang biasa digunakan khatib saat khotbah Jumat. Tongkat ini dipercaya memiliki keunikan dan cerita mistis tersendiri.
Dikisahkan, suatu hari seorang wanita tua datang ke masjid dan berusaha mengerik kulit kayu tongkat tersebut. Ketika ditanya oleh pengurus masjid, ia mengaku sedang mencari serbuk kayu tongkat tersebut untuk mengobati suaminya yang sakit keras.
Wanita itu mengaku telah berusaha mencari pengobatan hingga ke India, namun tak kunjung berhasil. Seorang tabib akhirnya menyarankan agar ia mencari masjid tertua di Jakarta dan mengambil serbuk kayu dari tongkat khatib. Setelah mengikuti saran tersebut, suaminya dikabarkan berangsur sembuh.
Masjid Al-Atiq juga pernah mengalami musibah besar. Pada tahun 1996, Jakarta dilanda hujan deras yang menyebabkan masjid ini terendam banjir hingga lebih dari dua meter. Akibatnya, bangunan masjid mengalami kerusakan, dan seluruh dokumentasi sejarah yang tersimpan di dalamnya lenyap terbawa arus banjir.
Lokasi masjid yang hanya berjarak tiga meter dari tepi Kali Ciliwung menjadikannya rawan banjir. Namun sejatinya Masjid Al-Atiq bukan sekadar tempat ibadah, tetapi juga saksi perjalanan panjang sejarah Islam di Jakarta, dan tak terpisahkan dari identitas budaya Betawi.
