Junaidi berkontribusi atas keberhasilan Indonesia memenangkan gelar juara King's Cup 1968 di Thailand dan Piala Merdeka 1969 di Malaysia.
Selain itu, ia juga terlibat saat Indonesia berduel dengan tim-tim elite Eropa, seperti Ajax Amsterdam dan Manchester United dalam periode pelatnas.
Berkat penampilannya yang begitu ciamik, Go Ahead Eagles tertarik merekrut Junaidi. Namun, ia tidak melanjutkan karier di Eropa.
Baca Juga: Erick Thohir: Naturalisasi Pemain untuk Timnas, Bukan Liga Indonesia
Sepanjang kariernya, Junaidi hanya membela klub-klub lokal, seperti Persija Jakarta hingga Persebaya Surabaya.