Karena diposisikan sebagai kendaraan khusus, yang hanya bisa digunakan di trek balap dan area pribadi, serta tidak dapat berjalan di jalan umum, maka Yamaha YZ250F disebut-sebut memiliki harga yang relatif mahal.
Di pasar Eropa, Yamaha YZ250F dijual dengan harga 10.199 euro atau sekitar Rp 170.551.995,64, harga yang dianggap cukup tinggi dibandingkan dengan motor produksi lain yang sudah lebih dulu mengaspal di jalanan.
