Pesan Moeldoko di pidatonya, meminta agar para santri Ponpes Al Zaytun Indramayu sigap dan mampu beradaptasi dengan perubahan zaman. Selain itu, perubahan juga disebut perlu tokoh.
"Tokoh-tokoh tersebut saya harapkan bisa lahir dari Pesantren Al-Zaytun ini untuk kemaslahatan bangsa," kata Moeldoko yang disambut meriah oleh para peserta.
Dalam rekam jejaknya, Moeldoko juga menjawab tudingan Ponpes Al Zaytun soal isu ajaran NII di sana. Pada 10 Agustus 2014, lalu Moeldoko mengaku berinisiatif melakukan komunikasi dengan Panji Gumilang untuk mengklarifikasi isu yang beredar di masyarakat.
Kenyataannya, kata dia, usulannya untuk memberikan ajaran terkait penanaman nasionalisme dan Pancasila kepada siswa atau santri diterima dengan baik oleh pihak ponpes yang didirikan pada 1999 tersebut.
"Saya bisa berkomunikasi dengan baik dengan Pak Panji Gumilang. 'Pak kiai saya yakin di bidang agama semakin lengkap apabila (santri) dibekali kehidupan bernegara'. Saya diberi ruang dan diberi waktu untuk mengajarkan bela negara, saya kirim anggota Korps Wanita Angkatan Darat (AD) dan prajurit TNI. Hasilnya clear," kata Moeldoko ketika itu.